Metáfora utilizada por Descartes para mostrar la unidad del saber humano y la dependencia de todos los conocimientos respecto de la metafísica. La sabiduría humana es el conjunto de todas las ciencias, conjunto que Descartes concibe como un sistema orgánico; es como un árbol cuyas raíces son la metafísica, el tronco la física o filosofía natural y las ramas las otras ciencias, principalmente la medicina, la mecánica y la moral. Todas las ciencias son consecuencia del uso de la razón, que es una y la misma con independencia del campo al que se aplique. El conocimiento es siempre y en todo momento conocimiento cierto y evidente, en caso contrario no es conocimiento. Esta evidencia se obtiene mediante las dos "acciones" del entendimiento legítimas: la intuición y la deducción. La intuición para el descubrimiento de las primeras verdades, que serán precisamente las raíces del árbol del conocimiento; la deducción para la fundamentación del resto de las verdades. Con la metáfora del árbol del conocimiento Descartes quiere señalar también la primacía de la filosofía respecto de las otras ciencias pues sin ella los conocimientos no adquieren una fundamentación última. Esta primacía le lleva a considerar que hasta la propia física extrae sus principios básicos de la metafísica.
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